Tháng 3 năm 1869, chính quyền trung ương do Ōkubo Toshimichi từ Satsuma lãnh đạo cảm thấy đủ mạnh để thực hiện việc tập quyền hơn nữa. Sau khi sáp nhập quân đội Satsuma và Chōshū làm một, Ōkubo và Kido Takayoshi thuyết phục daimyō của Satsuma, Chōshū, Hizen và Tosa dâng lãnh địa của mình cho Thiên hoàng. Các daimyō khác bị ép buộc phải làm vậy, và tất cả đều được tái bổ nhiệm làm "thống đốc" phần lãnh địa của mình, nay được đối xử như các đơn vị cấp dưới của chính quyền trung ương.

Mùa xuân năm 1871, Ōkubo, Kido, Inoue Kaoru, Yamagata Aritomo, Saigō Takamori, Ōyama Iwao, Sanjō Sanetomi và Iwakura tổ chức một cuộc gặp gỡ bí mật theo đó quyết định việc tiến lên giải thế triệt để các "han" (phiên). Cuối năm đó, tất cả các cựu daimyō được triệu tập đến trước Thiên hoàng, và ông ban chiếu cải biến các lãnh đại thành các tỉnh đứng đầu bởi một vị quan do chính quyền trung ương bổ nhiệm. Các daimyō được trả tiền lương hưu hào phóng, và lâu đài của họ trở thành trung tâm hành chính địa phương của chính phủ trung ương. Chiếu chỉ dẫn đến 305 đơn vị hành chính địa phương, qua nhiều sự sáp nhập, giảm xuống còn 72 tỉnh và 3 thành phố cho đến cuối năm. Vì vậy, đến cuối năm 1871, Nhật Bản đã trở thành một quốc gia tập quyền hoàn toàn. Sự chuyển đổi này diễn ra dần dần, vì vậy không phá vỡ đời sống của người dân thường, và không làm bùng nổ sự phản kháng hay bạo lực. Chính quyền trung ương nhận về mọi khoản nợ và nghĩa vụ của các phiên, và các cựu viên chức tại các phiên giờ làm việc cho chính phủ trung ương.

Năm 1871, triều đình trung ương ủng hộ việc thành lập các hội đồng tư vấn tại cấp chính quyền thấp nhất, tại các thị trấn, làng mạc và hạt. Thành viên của hội đồng cấp tỉnh được lấy từ các hội đồng địa phương này. Và vì hội đồng địa phương chỉ có quyền tranh luận, không có quyền lập pháp, điều này cung cấp một van an toàn quan trọng, không có khả năng thách thức quyền lực của chính quyền trung ương.